مرکز مطالعات استراتژیک افغانستان به تازگی با انجام پژوهشی، مدعی شده که افراطی‌گری در مدارس دینی غیر رسمی دولتی، در حال گسترش میباشد. این تحقیق در جنوب، شرق، شمال و مرکز کشور در 50 مدرسه دینی انجام شده و جمعیت آماری آن 306 نفر از مدرسان و طلبه‌های این مدارس بوده اند. در این پژوهش از شاخص‌های چون گرایش سَلَفی‌گری و وهابیت، حمایت از طالبان و حملات انتحاری، حقوق زن و مرد، مشروعیت دموکراسی و مشروعیت نظام موجود، استفاده شده است. یافته‌های پژوهش نشان می‌دهد که 15 درصد از این مدارس تحت گرایش‌های تندروانه قرار دارند، 8 درصد افراد باورهای سلفی و وهابی دارند، 17 درصد از حملات انتحاری تحت شرایط خاص حمایت کرده اند، بخش عمدۀ پاسخ دهندگان با برابری حقوق زن و مرد مخالفت کرده اند، 50 درصد با ارزش‌های دموکراتیک مخالفت نشان داده اند. در این میان تنها مشروعیت نظام موجود نزد پاسخ دهندگان بالا است و 75 درصد آن‌را نظام مشروع اسلامی خوانده اند.
نگرانی از گسترش تفکرات رادیکال اسلامی همواره در کشور وجود داشته است. شواهد زیاد درباره تبیلغ و ترویج باورهای سلفی و وهابی در مدارس دینی و مساجد وجود دارد و یافته‌های این پژوهش نیز بخشی از این شواهد میباشد. این‌که چرا هنوز باورهای رادیکال سلفی و وهابی در جامعه در حال گسترش است، دلایل روشنی وجود دارد. بخشی از این مسئله ناشی از فقدان گسترش سواد عمومی در میان مردم به‌ویژه در نقاط دور افتاده کشور میباشد. بخش عمدۀ آن به دلیل عقبۀ سیاسی و مالی میباشد که از بیرون وارد سیستم مدارس دینی می‌شوند. بسیاری از کشورها و سازمان‌های اطلاعاتی و استخباراتی منطقه، تلاش دارند با تقویت افراط‌گرایی در قلمرو افغانستان، مانع ثبات سیاسی و تحکیم دموکراسی در کشور شوند. برای این هدف، هم ایدئولوژی و تفکر افراطیت را وارد نظام آموزشی دینی می‌کنند و هم حمایت‌های مالی آن‌را انجام می‌دهند. در واقع حمایت از گسترش باورهای رادیکال سلفی و وهابی، بخشی از پروژه سیاسی است که از بیرون از کشور مدیریت می‌شود.
طبیعی است که این پروژه، پروژۀ خطرناکی برای افغانستان میباشد. با توجه به زمینه‌های فرهنگی و سنتی جامعه، امکان گسترش چنین باورهایی درکلیت جامعه بسیار بالا میباشد. در واقع، در بخش‌های عمدۀ کشور به‌ویژه نقاط دور دست که از خدمات دولتی، به‌ویژه خدمات آموزشی محروم اند، ظرفیت جذب تفکرات رادیکالی فراهم می‌باشند و مردم به سادگی می‌پذیرند که ایدئولوژی حاکم در نظام مدارس، بازتاب ارزش‌های ناب اسلامی است. مسئله زمانی دشوارتر می‌شود که مدرسانِ مدارس به عنوان آگاهان اجتماع شان، خود در بند چنین باورهایی باشند، در آن‌صورت تفکیک میان ارزش‌های موجود و مطلوب صورت نمی‌گیرد و ایدئولوژی سیاسی به مثابه ارزش‌های دینی به خورد مردم داده می‌شوند. از طرف دیگر، با حضور فعال گروه‌های تروریستی در سطح منطقه و به‌ویژه در کشور، ظرفیت جذب آن‌ها در یک روند سیاسی نیز وجود دارد. بنابراین، بخش عمدۀ مدارس از یک طرف، کارکرد آموزشی پیدا می‌کنند و از طرف دیگر عملاً دست در خوان قدرت سیاسی باز می‌کنند. بنابراین، این مسئله برای ثبات کشور خطرناک است. خطر این امر نه در آینده، بلکه اکنون به فعلیت درآمده است. اگر بی ثباتی افغانستان از بیرون توسط کشورها و سازمان‌های استخباراتی مدیریت می‌شوند، عاملین برنامه‌های آن‌ها کسانی اند که مولود همین پروژه‌های سیاسی است و باورهای رادیکال و افراط‌گرایانه را در همین مدارس ظاهراً دینی و مذهبی می‌آموزند. بنابراین، نظارت بر عملکرد مدارس غیر رسمی دینی یک ضرورت جدی است و دولت باید برنامۀ جامعی را برای مدیریت این مدارس روی دست گیرد. این کار از طریق تامین بودجه مورد نیاز مدارس دینی، اصلاح نصاب درسی، ایجاد سلسله مراتب سازمانی در نظام آموزش دینی و ایجاد میکانیزم نظارتی در چارچوب این سلسله مراتب سازمانی، امکان پذیر میباشد.