رییس جمهور غنی برنامه‌ی اصلاحات را با تمرکز بر دادگاه عالی و دادستانی شروع کرد و این برنامه را از همان روز مراسم تحلیفش کلیک زد. آقای غنی در این مراسم از لزوم اصلاحات در دادگاه عالی سخن گفت و فردایش این نهاد را متهم به کم‌کاری و فساد اداری کرد. سه روز بعدش به زندان پل‌چرخی رفت و به دادستانی مهلت تعیین کرد که تا در مدت دو هفته پرونده‌های زندانیان و دوسیه‌ی کابل بانک را مشخص سازد. به نظر می‌رسد رییس جمهور غنی اصلاحات در نظام‌های عدلی و قضایی کشور را در محور برنامه‌هایش قرار داده است. اکنون پرسش این است که آقای غنی می‌تواند نظام عدلی و قضایی افغانستان را اصلاح کند؟
فساد اداری در تمام نهادهای دولتی و جود دارد؛ اما این پدیده در نهادهای عدلی و قضایی به دلیل مواجهه‌ی مستقیم مردم با این نهادها، بیش‌تر محسوس است. اکنون فساد و رشوه‌ستانی، پیش‌فرض ثابت تمام مردم افغانستان از این نهادها میباشد و متأسفانه این پیش‌فرض در خصوص این نهادها حقیقت دارد. ایجاد کارآمدی و زدودن فساد در نهادهای قضا و دادستانی، از اولویت‌های مهم حکومت رییس جمهور کرزی بود که متأسفانه هیچ‌گاه نتوانست به این مشکل به‌صورت جدی رسیدگی کند. هم اکنون بخش قضا و دادستانی بیش از هر نهاد دیگر دچار فساد و ناکارآمدی هستند. در حکومت رییس جمهور کرزی تلاش‌ها در این راستا بیش‌تر به گونه‌‌ای فرمالیته، رسمی و تشریفاتی بود و اندک به زمینه‌های اجتماعی و امکانات عملیاتی شدن این پدیده توجه می‌شد. با این‌که نهادهای عدلی و قضایی ایجاد و نظام حقوقی و قضایی افغانستان با محتوای دموکراتیک و جامع تدوین شد؛ اما به دلایل مختلف، محتوای آن به‌صورت کامل و جامع در میان مردم تطبیق نگردید.
فساد اداری، ناامنی، وجود گروه‌های خودسر و ساختارهای موازی غیرقانونی با نهادهای عدلی و قضایی در روستاها و مناطق دورافتاده‌ی کشور و به‌صورت عموم، ضعف حکومت در تطبیق واقعی و کامل آن در میان مردم، از عوامل اصلی معیوب ماندن عدالت و حاکمیت نظام قضایی در حکومت رییس جمهور کرزی بود. این عوامل میان محتوای واقعی نظام حقوقی و قضایی افغانستان با مردم فاصله انداخته بود و هیچ‌گاه آقای کرزی این فاصله‌ها را برداشته نتوانست.
حکومت آقای کرزی با چالش‌هایی که در برابر تطبیق حاکمیت قانون و دسترسی مردم به عدالت وجود داشت، مبارزه‌ی جدی نکرد و نظام حقوقی و قضایی افغانستان را عملا در روستاهای دورافتاده و در میان مردم نبرد. قلمرو نهادهای عدلی و قضایی از مرکزهای ولایت‌ها و ولسوالی‌ها فراتر نرفت و مردم در روستاها اسیر ساختارهای سنتی سابق یا گروه‌های خودسر گردیدند. در جاهایی هم که این نهادها حضور داشتند، مردم به دلیل میزان بالای فساد و رشوت، به نهادها و ساختارهای غیررسمی پناه برده و بدین ترتیب، اتوریته‌ی آن را سست و لرزان نمود. به همین خاطر، ساختارهای موازی با نهادهای عدلی و قضایی، نظیر محکمه‌های صحرایی، شوراهای مردمی، ملاها و زورمندان محلی روزبه‌روز رشد کرد و مردم را از دسترسی به عدالت دور و دورتر کرد. حکومت آقای کرزی نه تنها که از نهادهای عدلی و قضایی حمایت جدی نکرد، بلکه در مواردی خود به ایجاد و رشد ساختارهای موازی با این نهادها میدان داد. حکومت در طول چندسال گذشته با سکوت در برابر ساختارهای سنتی یا در مواردی حمایت از آن‌ها، به گونه‌‌ی تلویحی به آن‌ها مشروعیت داد و به عنوان ساختارهای موازی با نهادهای رسمی عدلی و قضایی پذیرفت که بیش‌ترین موارد نقض عدالت و حقوق بشر نیز توسط همین ساختار‌ها انجام شد. اکنون حکومت وحدت ملی این تجربیات را با خود دارد. این چالش‌ها هنوز هم نظام قضایی افغانستان را در پنجه گرفته است. آوردن اصلاحات در نهادهای قضا و دادستانی، می‌تواند تنها بخشی از تلاش‌ها برای تطبیق حاکمیت قانون و اصلاح نظام قضایی باشد. در کنار آن، باید فاصله میان مردم و نهادهای عدلی و قضایی نیز برداشته شود و ساختارهای موازی با این نهادها از بین بروند. تا زمانی که این ساختار‌ها از میان برداشته نشوند و قانون و نهادهای عدلی و قضایی به تمام لایه‌های جامعه برده نشوند، نمی‌توان به حاکمیت قانون و کارآمدی نظام عدلی و قضایی در کشور امیدوار بود.