آقای امرالله صالح، معاون اول ریاست‌جمهوری افغانستان در واکنش به حادثه گمرک اسلام‌قلعه متنی در صفحه فیسبوکش نوشته است «سر باشد کلاه پیدا خواهد شد. از این‌که این حادثه‌ی دلخراش تلفات جانی در قبال نداشته، خوشحالم.». همچنین با حادثه‌دیدگان احساس همدردی کرده است. در ادامه او توضیح داده است که «با مقام ولایت هرات صحبت کردم. آن‌ها تلاش زیاد نموده و با مدیریت خوب توانستند از گسترش فاجعه جلوگیری نمایند.». ظاهرا آقای صالح تعریف‌شان از مدیریت خوب با معیارهای مدیریت پاسخگو و مسئول کمی متفاوت است و تنها به انجام تحقیق و خاموش‌کردن آتش محدود می‌شود که نتیجه ملموسی را در بهبود وضعیت آینده یکی از بزرگ‌ترین دالان‌های ترانزیتی کشور و سکتور خصوصی ایجاد نمی‌کند.
گمرک اسلام‌قلعه مهم‌ترین دالان‌های ترانزیتی حوزه جنوب‌غرب کشور است. به‌نظر می‌رسد تراکم بیش از اندازه وسایط نقلیه و موترهای حامل مواد سوختی در این مسیر و مقدار زمان توقف این موترها (گاهی چندین هفته) عامل اصلی حادثه است. در قانون گمرکات این طور آمده است که این موترها باید در طی یک روز کاری ترخیص شوند. اما فساد موجود در گمرک و مافیای قدرتمندی که این گمرک را کنترل می‌کند، مانع از آن می‌شود که یک موتر در زمان تعیین‌شده از این گمرک ترخیص شود. عامل مهم دیگری که موجب می‌شود موترها هفته‌ها در این گمرک باقی بمانند، زیرساخت‌های این گمرک است. در نتیجه‌ی مدیریت ضعیف و موجودیت فساد، همچنین نبود زیرساخت‌های اساسی در این گمرک، موجب بروز حادثه شده است. حادثه‌ای که ابعاد خسارات آن بزرگ است و دود آن به چشم مردم می‌رود.
بنابر گزارش‌ها حدود ۵۰۰ تانکر مواد سوختی طعمه حریق شده است. اگر از زیان‌های زیست‌محیطی آتش‌سوزی مواد سوختی، صرف‌نظر کنیم، برآوردهای ابتدایی حادثه نشان می‌دهد که بالغ بر ۵۰ میلیون دالر به سکتور خصوصی، خسارت وارد شده است. ابعاد این خسارت همچنین، قطع برق در ولایت هرات و به‌صورت ملموس‌تر، افزایش قیمت مواد سوختی در افغانستان بود. پیش‌بینی می‌شود طی روزهای آینده قیمت مواد سوختی در برخی از ولایت‌های کشور همچنان افزایش یابد.
وزارت ترانسپورت، اداره استندارد، ریاست عمومی گمرکات، ولات هرات، مهم‌ترین نهادهایی هستند که به‌نظر می‌رسد در فاجعه گمرک اسلام‌قلعه تلاش می‌کنند دیگری را مقصر جلوه دهند. واقعیت این است که گمرک اسلام‌قلعه را بیش از آن‌که دولت افغانستان و سازمان‌های مربوطه‌اش، اداره و کنترل کنند، مافیای گسترده‌ای که اتفاقا نهادهای مذکور بخش جدایی‌ناپذیر از فساد سازمان‌یافته درون آن می‌باشند، کنترل می‌کنند. این فساد سازمان‌یافته و عدم نظارت دولت و نهادهای ملی و نظارتی دلیل واضحی است برای طولانی‌بودن صف‌های موترهای سوختی در این گمرک حیاتی کشور.
به‌دلیل بی‌کفایتی بخش دولتی در تأمین زیرساخت‌های مناسب و همچنین وجود فساد گسترده و سازمان‌یافته، بخش خصوصی افغانستان طی این حادثه بیشترین آسیب را دیده است. پرسش اساسی این است که با منطق آقای صالح «سر باشد کلاه پیدا خواهد شد» چگونه ضررهای بخش خصوصی جبران خواهد شد؟ آیا بی‌کفایتی نهادهای مسئول در این زمینه با این منطق جبران خواهد شد؟ پیامدهای زیست‌محیطی و اقتصادی‌‌ای را که این حادثه به مردم افغانستان و اقتصاد آنان طی روزهای آینده خواهد زد چه کسی جبران خواهد کرد؟ حکومت باید جبران این زیان بزرگ اقتصادی را بپردازد. براساس قانون حکومت مسئول حفاظت از اموال تاجران در گمرکات است. به همین دلیل مالیات می‌گیرد.
به‌نظر می‌رسد زمان بازنگری جدی در سیستم گمرکات، مدیریت مؤثر و کارآمد گمرکی فرا رسیده باشد. این حق مردم است که از امکانات و خدمات حداقلی در این زمینه برخوردار باشند. گمرک اسلام‌قلعه غرق در فساد است. شبکه‌ی پیچیده‌ای از فساد سازمان‌یافته و مافیا این گمرک را مدیریت می‌کند و ارگان‌های دولتی نقش مهمی در تولید این فساد عریان دارند. باید نهادها، افراد و کسانی که در حادثه آتش‌سوزی نقش داشتند، شناسایی و محاکمه شوند. تکرار چنین فاجعه‌ای پیامدهای جبران‌ناپذیر اقتصادی و اجتماعی را به دنبال دارد. نارضایتی عمومی از مدیریت ضعیف و فساد گسترده در این گمرک، کارد را به استخوان مردم رسانده است.