شماری از دانشجویان دانشکده شرعیات دانشگاه بامیان می‌گویند که تدریس فقه جعفری در این دانشکده متوقف شده و به‌جای آن فقه حنفی تدریس می‌شود. رئیس دانشگاه بامیان اما این ادعا را رد کرده است.
یکی از دانشجویان دانشگاه بامیان میگوید که او شش سمستر فقه جعفری خوانده است؛ اما با حاکمیت گروه طالبان اکنون فقه حنفی جایگزین فقه جعفری شده است.
این دانشجو میگوید که دانشجویان اعتراض شان را با رئیس دانشگاه و رئیس دانشکده شرعیات بامیان شریک کرده و هم‌چنین عریضه‌ای را عنوانی وزارت تحصیلات عالی نوشته‌اند؛ اما به خواست آنان توجه نشده است.
رشته شرعیات، شش سال قبل در دانشگاه بامیان فعال شده بود و از آن زمان تاکنون فقه جعفری تدریس می‌شد.
یکی از مسئولان دانشگاه که خواست هویت‌اش فاش نشود، در گفت‌وگو با اطلاعات روز، حذف فقه جعفری را تأیید کرد و گفت که اکنون برای دانشجویان شرعیات، فقه حنفی تدریس می‌شود. به گفته‌ی وی، این موضوع نگرانی و شکایت دانشجویان را در پی داشته است.
او میگوید که اخیرا استادان دیپارتمنت فقه جعفری هم با محدودیت‌هایی مواجه شده‌اند.
از سوی دیگر، محمدسالم فیضی، رئیس دانشگاه بامیان حذف تدریس فقه جعفری را شایعه می‌خواند و میگوید آنچه که برای دانشجویان فقه جعفری تدریس می‌شود نصاب سال ۱۳۹۸ وزارت تحصیلات است.
حذف تدریس فقه جعفری از دانشکده شرعیات دانشگاه بامیان واکنش‌های عالمان دین را نیز در پی داشته است.
نصرالله واعظی، رئیس شورای علمای شیعه در مرکز ولایت بامیان میگوید که فقه و عقاید تحمیلی در هیچ جایی از دنیا نتیجه نداده است، بلکه در افغانستان هم نتیجه نخواهد داد.
او از وزارت تحصیلات عالی طالبان می‌خواهد که اجازه دهد عقاید و فقه شیعه در مراکز آموزشی و نهادهای تحصیلی مناطق شیعه‌نشین تدریس شود و به آن احترام بگذارد.