کمیسیون مستقل انتخابات با روزهای دشوار عمرش روبه‌رو شده است. این نهاد به عنوان نهاد مستقل برگزار کننده‌ی انتخابات، چند‌اشتباه فاحش را در دور دوم انتخابات ریاست جمهوری مرتکب شد. اشتباهات کوچک و بزرگ، اکنون به درد‌سر بزرگی برای این نهاد و کلیت افغانستان تبدیل شده‌اند. اما قبل از بررسی بحران در این کمیسیون، اشتباهات فاحش کمیسیون در برگزاری دور دوم انتخابات این‌گونه بود:
1- برکناری حدود 5 هزار کارمند: کمیسیون مستقل انتخابات پس از دور اول انتخابت ریاست جمهوری حدود 5 هزار کارمندش را برکنار و دلیل برکنار کردن این افراد را اتهام تقلب برشمرد. اما برکناری این کارمندان و استخدام افراد جدید یک اشتباه فاحش برای کمیسیون مستقل انتخابات بود. کمیسیون هرچند که حق برکناری کارمندانش را دارد و این از صلاحیت‌های انحصاری این کمیسیون است؛ اما کمیسیون پس از برکناری این افراد بایستی لیست افراد برکنار شده از کمیسیون و اتهامات‌شان را منتشر می‌کرد. هم‌چنان کمیسیون برای تأمین شفافیت و کسب رضایت مردم و ستادهای انتخاباتی بایستی مکانیزم استخدام 5 هزار کارمند جدید را روشن می‌کرد و لیست افرادی را که دوباره استخدام کرده بود، منتشر می‌کرد. این کارها نشدند و اکنون این جابه‌جایی‌ها به یکی از جنجال‌های این کمیسیون تبدیل شده است. ستاد انتخاباتی اصلاحات و هم‌گرایی این جابه‌جایی‌ها را یکی از انگیزه‌ها و راه‌کارهای تقلب سازمان یافته در دور دوم انتخابات ریاست جمهوری می‌پندارد.
2- بالاتر از هفت میلیون اشتراک کننده در دور دوم انتخابات: این آمار از تعداد اشتراک کنندگان در همان روز انتخابات بسیاری‌ها را شوکه کرد و از همان لحظه گمانه‌زنی‌ها در مورد تقلب سازمان یافته شروع شد. رییس کمیسیون مستقل انتخابات بدون این‌که سند و مدرک و دلیل موثقی در مورد میزان و تعداد اشتراک کنندگان ارائه کند، تعداد اشتراک کنندگان را براساس تخمین، بالاتر از هفت میلیون تخمین زد. این آمار از همان لحظه گمانه‌زنی‌هایی را در پی داشت. بسیاری رسانه‌ها در اکثریت ولایات میزان اشتراک این دور انتخابات نسبت به دور قبل را کمتر گزارش داده بودند. اما رییس کمیسیون مستقل انتخابات میزان مشارکت دور دوم را بالاتر عنوان کرد. از این‌رو، این هفت میلیون برای بسیاری از ناظران و مردم افغانستان مجهول بود. ستاد اصلاحات و هم‌گرایی در واکنش خود این هفت میلیون اشتراک کننده را بیش‌تر از پیش با پرسش‌های جدی مواجه کرد. کمیسیون پس از آن و تا اکنون دلیل قانع کننده‌ای برای تثبیت این‌که هفت میلیون نفر در انتخابات اشتراک ورزیده، ارائه نکرده است. از این‌رو، از یک جانب تأکید ستاد اصلاحات و هم‌گرایی بر این‌که میزان مشارکت هفت میلیون نبوده، باعث تشویش در اذهان عمومی شد و همین تأکید باعث این شد که کمیسیون بار دیگر این آمار را تأیید کند و بازهم میزان اشتراک کنندگان را بالاتر از هفت میلیون عنوان کرد. اما نشر چنین آماری در شرایطی که حتا تا امروز کمیسیون مستقل انتخابات نتوانسته برگه‌های نتایج را از کل ولایات افغانستان جمع‌آوری کند، در ساعت‌های پایانی روز انتخابات، نگران کننده و مجهول بود. از این‌رو، اعلام این آمار و ارقام از میزان اشتراک کنندگان تصمیم عجولانه و غیر‌مسئولانه از سوی کمیسیون مستقل انتخابات بود.
3- توقیف موترهای امرخیل: فرمانده پولیس کابل در ساعت‌های پایانی روز انتخابات به رسانه‌ها گفت که دو موتر رییس دبیرخانه‌ی کمیسیون مستقل انتخابات را که می‌خواست مواد حساس انتخاباتی را برای تقلب به‌نفع یک نامزد خاص به بیرون از کابل منتقل کند، توقیف کرده است. این گفته‌های او جنجال بزرگی را برپا کرد. در نخستین واکنش وزیر داخله توقیف این موترها را سوء تفاهم میان او و امرخیل عنوان کرد. اما ماجرای به این بزرگی خاموش نشد و اکنون به یکی از دلایل طرف بودن رییس دبیرخانه‌ی کمیسیون در انتخابات تبدیل شده است. ستاد اصلاحات و هم‌گرایی خواهان تعلیق وظیفه‌ی امرخیل شد، اما او کماکان در جای خود باقی ماند. در حالی که انتظار می‌رفت، کمیسیون مستقل انتخابات مسئولانه اتهام موجود علیه امرخیل را بررسی کند، از این قضیه سطحی عبور کرد و تمامی اتهامات را منکر شد و حتا اجازه‌ی تحقیق و بررسی به وزارت داخله را نداد. این موضع کمیسیون که به احتمال زیاد با گفت‌وگوها و چانه‌زنی‌های رییس جمهور هم‌سو بود، منجر به قطع روابط ستاد اصلاحات و هم‌گرایی با کمیسیون مستقل انتخابات شد. قطع روابط و رد هر آن‌چه که کمیسیون اعلام کند، از سوی ستاد اصلاحات و هم‌گرایی، کمیسیون را بی‌اعتبار کرد. اکنون کمیسیون هرچند که مطابق قانون به گونه‌ی عادی به کارهایی چون جمع‌آوری و شمارش آرا مصروف است، اما از جانب دیگر، این کمیسیون برای یکی از طرف‌های انتخابات ریاست جمهوری مشروع نیست. عبور سهل کمیسیون از مسئله‌ی جنجالی امرخیل، بی‌اعتمادی نسبت به کل کمیسیون را افزایش داد و عدم حساب‌دهی و رسیدگی کمیسیون به این مسئله، یک اشتباه فاحش دیگر در سلسله‌ی اشتباهات دور دوم انتخابات بود.
4- و اکنون نشر مکالمات تیلفونی‌ای که به امرخیل نسبت داده می‌شود: ستاد انتخاباتی عبدالله عبدالله دیروز گفت‌وگوی تیلفونی 13 دقیقه‌ای را منتشر کرد که نشان می‌دهد، امرخیل در تلاش است استخدام‌های این کمیسیون در ولایات را به افرادی اختصاص بدهد که برای غنی کار کنند. این اسناد هم‌چنان نشان می‌دهد که امرخیل در تلاش است که برای غنی رای انداخته شود، حتا اگر با تقلب باشد. هرچند که منابع مستقل صحت این گفت‌وگو را تأیید نکرده، اما اگر ثابت شود که این گفت‌وگو از جانب امرخیل بوده، در آن صورت نه تنها دردسرهای کمیسیون بیش‌تر می‌شوند، بل‌که اعتبار این کمیسیون به عنوان یک نهاد مستقل با سوال‌های جدی مواجه خواهد شد.
حالا با در نظرداشت این نکات، کمیسیون مستقل انتخابات در دور دوم انتخابات با خطاهای بسیاری انتخابات را به یک چالش بزرگ برای افغانستان تبدیل کرده است. انتخابات دور دوم به جای این‌که انتقال قدرت را نهایی کند، قدرت را تقسیم کرده و هر‌دو طرف ادعا و دعوای پیروزی دارد. از این‌رو، در شرایطی که انتظار می‌رفت کمیسیون مستقل انتخابات دعوای قدرت را از مکانیزم دموکراتیک و قانونی به ثبات سیاسی تبدیل کند، اکنون با بحران داخلی مواجه شده است. از یک طرف کمیسیون ناگزیر است ادعاهای قبلی خود را پی‌گیری کند و از جانب دیگر، ناگزیر است پاسخ سوال‌های موجود را ارائه کند.
و این دقیقاً بحرانی است که کمیسیون قبل از هر مرجع دیگر با آن درگیر شده است. چگونگی کنار آمدن با بحران موجود در درون کمیسیون، تأثیر بر کل اوضاع افغانستان و آینده‌اش دارد. اگر به این وضعیت خاتمه داده نشود و کمیسیون وضعیت موجود را درست مدیریت نکند، بحرانی که اکنون در کمیسیون مستقل انتخابات وجود دارد، در سراسر افغانستان پخش خواهد شد و این بحران می‌تواند کمر کمیسیون مستقل انتخابات را بشکند.