طالبان، به‌ویژه پس از سقوط امارت اسلامی، در دسته‌های کوچک و به ظاهر پراکنده عمل می‌کردند، اما یک نخ‌نامرئی تمامی این گروه‌های پراکنده را به یکدیگرشان وصل می‌کرد. این نخ نا مرئی رهبری مرموزی بود که طالبان از بدو تاسیس داشتند: ملا محمد عمر.
رهبران جنبش‌های مشابه در جهان و تاریخ، نقش و حضور شان بسیار سنگین و آشکار بوده است و رهبران هراز گاهی برای دادن انگیزه مبارزه و بسیج افکار عمومی در انظار مردم ظاهر می‌شدند، حرف می‌زدند و خطوط مبارزاتی را برای پیروان خود ترسیم می‌کردند، اما ملا عمر برعکس همه این‌ها بیشتر به نخ ارتباطی نامرئی می‌مانست؛ به یک رمز و یک کد.
نقش او در بسیاری موارد در حد یک اسم معنا کاهش می‌یافت و همین مشخصه او سبب می‌شد که سیستم رهبری طالبان تا حد زیادی مرموز، موثر و غیر قابل شناخت باقی بماند.
ملا عمر از سوی پیروان‌اش لقب “امیرالمومنین” داشت و کسانی چون اسامه بن لادن رهبر پیشین و ایمن الظواهری رهبر کنونی القاعده با او بیعت کرده بودند. این جایگاه منحصر به فرد او امکان هرنوع انشقاق و کودتای درون گروهی را از طالبان سلب کرده بود.
در چنین وضعیتی، اداره، کنترل و رهبری رده‌های پایینی طالبان راحت بود. گفته می‌شد جنگ علیه دولت افغانستان و متحدان بین المللی آن، دستور رهبری است. رده‌های میانی و فرماندهان کوچک نیز با این تصور که عضو یک گروه کلان و پیچیده‌ای هستند امور روزمره را خود سرو سامان می‌دادند و خیال شان از بابت رهبری گروه راحت بود.
با اعلام مرگ ملا محمد عمر، این نخ مرموز و نا مرئی قطع شد و صدها دسته و گروپ پراکنده و جدا از هم برای اولین بار با سوال جدی مواجه شدند که از این پس از چه کسی هدایت‌شان می‌کند و تکلیف شان در امور مهمی چون جنگ و صلح را چه کسی مشخص خواهد کرد؟
از سوی دیگر چه در زمان امارت اسلامی و چه پس از آن، ده‌ها فرمانده تحت نام طالب جنگیده است که هرکدام با تفاوت کم و بیش، با رهبری طالبان ارتباط داشتند و خود را به او نزدیک می‌دیدند.
حالا نبود ملا عمر به عنوان نخ ارتباطی تمامی سطوح یک سازمان کلان، این تشکل متکی به سنترالیزم نظامی را، با بزرگ‌ترین چالش حیاتش روبه‌رو کرده است زیرا ساز و کارهای به شدت متمرکز و سنترالیست به همان اندازه که منسجم و خدشه ناپذیرند، به همان اندازه در مواجه با حوادث و تغییر فضا و شرایط غیر منطبق اند.
به همین دلیل است که حد اقل در مدت اندکی پس از تائید مرگ ملا عمر برای نخستین بار سخن از پراکندگی و بی نظمی در درون طالبان است و خبرهای تائید نشده از نبرد شدید برای تصرف سکان رهبری از سوی ملا محمد اختر منصور.
حالا مسلم شده که ملا محمد عمر، حدود دو سال پیش مرده است. این زمان تقریبا مصادف است با زندانی شدن ملا برادر که از او به عنوان فرد شماره دوم طالبان نام برده می‌شد. در این مدت تشکل طالبان در نبود ملا عمر و ملا برادر کماکان مستحکم به نظر می‌رسید. چون نوعیت رهبری ملا عمر از ابتدا به گونه‌ای بود که حضور و غیابش تاثیر عملی چندانی نداشت او فقط یک نخ ارتباطی نا مرئی بود.
با مرگ ملا عمر مهم‌ترین اتفاقی که افتاد این بود که سیستم رهبری مرموز طالبان رمزگشایی شد و این سیستم دیگر کارا و موثر نیست و تقریبا می‌توان گفت کارگزاران سیستم قبلی طالبان و رهبری مرموز آن دیگر نمی‌توانند برای اداره هزاران جنگ‌جو، کارزمای مرموز مشابه ملا عمر را خلق کنند.
کارگزاران سیستم طالبانی ناچارند برای انسجام امور طالبان به ایجاد یک رهبری متعارف و معمول روی بیاورند؛ رهبری که با هزاران مشکل برای هدایت یک ماشین جنگی سنگین و هزینه‌بر مواجه خواهد بود. در چنین وضعیتی حفظ انسجام پیشین گروه طالبان تقریبا نا ممکن به نظر می‌رسد.