سال‌هاست که طرح ثبت مساجد و مدارس دینی در کشور از جمله در ولایت هرات آغاز شده، اما این روند هنوز به پایان نرسیده است. به گفته‌ی منابع در طی این سال‌ها از 10 هزار مسجد و مدرسه‌ی دینی در هرات شش‌هزار و 500 مسجد و 200 مدرسه دینی ثبت ریاست حج و اوقاف شده است. عبدالخالق حقانی، رییس حج و اوقاف هرات به روزنامه اطلاعات روز میگوید سه ماه است که اداره حج و اوقاف تلاش دارد این روند را سرعت ببخشد: «مساجد و مدارس دینی ثبت‌نشده در تمام نقاط هرات وجود دارد و با افزایش جمعیت، مردم مساجد تازه تأسیس کردند.»
چند سال پیش حکومت افغانستان طرح ثبت مساجد و مدارس دینی را به هدف نظارت بر فعالیت مدارس دینی روی دست گرفت. نگرانی حکومت این است که شورشیان مربوط به طالبان و القاعده، از مدارس دینی فعال در افغانستان، به‌عنوان مراکز فعالیت و سربازگیری خود استفاده کند.
آقای حقانی میگوید: «روند سوءاستفاده از مساجد و مدارس دینی در تاریخ افغانستان به مشاهده رسیده است. چند سال پیش یک نفر تحت‌نام ملام امام در هرات و کابل کار کرده بود که در واقع جاسوس یکی از کشورهای همسایه برآمد.»
در ماه عقرب سال 1397، پولیس هرات «ملا محمد»، ملا امام یک مسجد در ولسوالی پشتون‌زرغون را با پنج تن از شاگردانش به اتهام سازمان‌دهی حملات تروریستی بازداشت کردند. این ملا امام در چندین رویداد تروریستی از جمله ترور دو تن از نیروهای دولتی دست داشته است.
در چندین مورد دیگر نیز نیروهای دولتی چندین ملاامام و طلبه‌های دینی را به اتهام دست‌داشتن در حملات تروریستی بازداشت کردند. در اسد سال 1396 بر اثر یک عملیات نیروهای مشترک امنیت و ارتش ملی در هرات دو تروریست از داخل دارالعلوم عالی هرات بازداشت شدند.
در کنار ثبت مساجد و مدارس دینی در هرات، روند بیومتریک ملاامامان و علمای دینی نیز جریان دارد. عبدالخالق حقانی، رییس حج و اوقاف هرات میگوید که تاکنون 500 عالم دین در فرماندهی پولیس هرات ثبت بیومتریک شده‌اند. او می‌افزاید که با پایان‌یافتن روند بیومتریک علمای دین، نظارت حکومت بر عملکرد آنان افزایش خواهد یافت.
رییس حج و اوقاف هرات میگوید که فتوای صلح و جهاد از منبرهای مساجد بیرون می‌شود و یگانه راه برای تأمین صلح در کشور ثبت مساجد، مدارس و بیومتریک ملاامامان است: «حکومت مصارفی که در بخش دست یافتن به صلح انجام داده، اگر قسمتی روی ثبت مساجد هزینه می‌کرد، فکر می‌کنم که جنگ ختم می‌شد.»
اکثر مدرسه‌های دینی در سراسر کشور خارج از نظام آموزشی دولتی کار می‌کنند. بارها از افزایش فعالیت گروه‌های افراطی در مدارس از سوی نهادهای مختلف نگرانی و گزارش داده شده است.
امیدی برای پایان این روند است؟
بسیاری از مدارس دینی در مناطق ناآرام کشور و جاهایی که بیش‌تر تحت نفوذ طالبان است یا در ولسوالی‌ها فعالیت دارند. وکیل‌احمد کرخی، رییس کمیته امنیتی شورای ولایتی هرات در گفت‌وگو با روزنامه اطلاعات روز، بر ثبت مساجد و مدارس دینی تأکید می‌کند، اما وی باورمند نیست که به این زودی‌ها تمامی مساجد و مدارس دینی ثبت شود: «شاید حکومت و ریاست حج و اوقاف هرات، تا اندازه‌ای در شهر بتوانند که مساجد و مدارس دینی را ثبت کنند، اما در ولسوالی‌ها و مناطق ناامن این کار شدنی نیست.»
محمدنادر فائض، خطیب مسجد جامع واعظ کاشفی در صحبت با روزنامه اطلاعات روز، از پیامدهای منفی عدم نظارت حکومت از روند آموزش مساجد و مدارس دینی در هرات هشدار می‌دهد و تداوم این روند را به رشد بیش‌تر افراط‌گرایان می‌داند. این عالم دین همچنین تأکید دارد که حکومت نباید اجازه دهد تروریستان از مساجد به‌عنوان سنگری برای آتش‌افروزی بیش‌تر استفاده کنند: «با ثبت مساجد و علمای دینی و همچنین نظارت بر تدریس مساجد، جلو وقوع حملات انتحاری و ناامنی‌ها تا حدودی گرفته می‌شود. در برخی مواقع در این مساجد به شکل افراطی تدریس می‌شود.»
شورای ولایتی هرات نیز از قدرت‌گیری جریان‌های افراطی در هرات به‌ویژه در ولسوالی‌ها نگران است و از حکومت می‌خواهد که جلو رشد این گروه‌ها را بگیرد.
وکیل‌احمد کرخی، رییس کمیته امنیتی این شورا میگوید که در برخی از مناطق هرات علمای دینی علیه نظام صدا بلند می‌کنند و حتا نماز جنازه نیروهای دولتی در مناطق تحت تسلط طالبان در هرات خوانده نمی‌شود: «برخی از علمای دینی از طریق منابر علیه دولت صحبت می‌کنند و من از خیلی از علمای دین در هرات شنیدم که سربازان را شهید نمی‌گویند. باید ریاست امنیت ملی هرات این مسائل را جدی بگیرد و به هیچ کس اجازه ندهد که علیه نظام تبلیغ کند.»
آقای کروخی مدعی است که برخی از مسئولان مدارس هم در شهر هرات و هم در ولسوالی‌ها برای مخالفان مسلح دولت از داخل مداری دینی سربازگیری می‌کنند: «گزارش‌های که ما داریم، هستند کسانی که علنی بر علیه دولت تبلیغ می‌کنند و حتا از سر منبرها دولت را تعضیف می‌کنند.»
مقام‌ها در اداره محلی هرات هشدار می‌دهند که به هیچ عنوان به تروریستان اجازه استفاده از مساجد و اماکن مقدس را برای رسیدن به اهداف‌شان نمی‌دهند. جیلانی فرهاد، سخن‌گوی والی هرات به روزنامه اطلاعات روز میگوید: «هر کس بخواهد از مساجد و اماکن مقدس سوءاستفاده کند، ما آن را سرکوب می‌کنیم. ثبت مساجد و بیومتریک علمای دین، بر بهبود وضعیت امنیتی موثر است.»