بخش حقوق‌‌بشر دفتر هیأت معاونت سازمان ملل متحد در افغانستان( یوناما) گزارش داده است که طالبان از ۱۷ جنوری تا سوم فبروری سال جاری میلادی، ۵۰ مرد از اسماعیلیه‌های ولایت بدخشان را مجبور به تغییر مذهب و گرویدن به مذهب سنی کرده‌اند.
در این گزارش که امروز (پنج‌شنبه، ۱۱ ثور) منتشر شده، آمده است که این افراد شب‌هنگام به‌منظور «بازجویی دینی» از خانه‌های شان توسط طالبان برده شدند و کسانی‌که از تغییر مذهب امتناع کردند، تهدید به مرگ شدند و مورد ضرب‌وشتم و اجبار قرار گرفتند.
یوناما همچنین تأیید کرده است که طالبان چندین مدرسه دینی در مناطق اسماعیلیه نشین بدخشان تاسیس کرده‌اند و از کودکان اسماعیلیه خواسنه‌اند که در این مدارس ثبت نام کنند و آموزش‌های دینی مبتنی بر مذهب سنی را فراگیرند.
پیش از این نیز شماری از نهادهای حقوق بشری گزارش داده بودند که طالبان شیعیان اسماعیلیه در بدخشان را مجبور به تغییر مذهب کرده‌اند.
از جمله نهاد حقوق بشری «رواداری» در ۲۹ ماه حوت سال پیش با نشر گزارشی گفت که طالبان شماری از شیعیان اسماعیلی را مجبور به تغییر مذهب کرده‌اند.
این نهاد همچنین گفت که طالبان در چندین ولسوالی بدخشان مدارس دینی ایجاد کرده‌اند و در هر مدرسه برای ۱۰۰ تا ۲۰۰ دانش‌آموز اسماعیلی‌مذهب، فقه حنفی تدریس می‌کنند.
گزارش‌های متعددی نیز از آزارواذیت شیعیان اسماعیلی به‌دست طالبان منتشر شده است.
منابع محلی در ۱۵ ثور سال پیش به روزنامه اطلاعات روز تأیید کردند که طالبان ۱۵ نفر از شیعیان اسماعیلی را از ولسوالی «نسی» بدخشان بازداشت و شکنجه کرده‌اند.
منابع گفته بودند که طالبان افراد را متهم به عضویت در «جبهه مقاومت ملی افغانستان» کردند، در حالی که آنان کشاورز و دامدار بودند.
منابع همچنین گفته بودند که افراد طالبان پیروان مذهب اسماعیلیه را مورد تمسخر و آزارواذیت قرار می‌دهند.
طالبان پس از تسلط بر افغانستان، آزادی‌های مذهبی شیعیان ۱۲ امامی را نیز محدود کرده‌اند و مانع انجام برخی از مراسم‌های مذهبی آنان شده‌اند.