سازمان دیدبان حقوق بشر از عدم پی‌گیری پرونده‌های نقض حقوق بشر در افغانستان انتقاد کرده و از دادگاه بین‌المللی لاهه خواسته است که تلاش‌های خود را برای تکمیل مراحل ابتدایی بررسی پرونده‌های جرایم جنگی در افغانستان سرعت بخشد. این سازمان افزوده که رییس جمهور کرزی تلاش‌های خود برای دنبال کردن روند حساب‌گیری از ناقضان حقوق بشر و عاملان جرایم جنگی را متوقف کرده است. پژوهش‌گران ارشد این نهاد گفته‌اند که رییس جمهور کرزی به این دلیل که شماری از افراد حکومتی و شرکای مهم دولت وی در جرایم جنگی دست داشته‌اند، نمی‌خواهد پرونده‌های جنایت جنگی را در افغانستان پی‌گیری کند. در طول سه دهه جنگ و بی‌ثباتی در افغانستان انسان‌های بی‌شماری کشته، آواره و متضرر گردیدند و جنایات جنگی زیادی اتفاق افتاد. همان‌گونه که خون و جان انسان افغانی در سال‌های دهشت و وحشت و جنگ ارزان و بی‌محابا به زمین می‌ریخت، حق دادرسی آن‌ها امروز نیز چنین ساده و بی‌محابا مورد معامله و سازش قرار می‌گیرد. همان چهره‌هایی که در طول چند دهه‌ی گذشته دست‌شان تا آرنج به خون مردم افغانستان آغشته بوده و در ویرانی‌های کشور و جفا بر مردم سهم داشته، امروز در کرسی تقسیم حق و تطبیق عدالت نشسته و حق قربانیان چنددهه خشونت و دهشت را معامله می‌کنند.
در کنار دیگر خواسته‌ها، تطبیق عدالت و بررسی پرونده‌های نقض حقوق بشر و جنایت‌های جنگی در طول چند دهه‌ی گذشته از خواسته‌ها و توقعات اصلی مردم افغانستان بود؛ مردم امیدوار بودند تا در فصل جدید مجالی برای بررسی عادلانه و بی‌طرفانه‌ی آن‌چه که طی سه دهه‌ی گذشته بر انسان افغانی آمده است، پدید آید، اما متأسفانه این توقع برآورده نشد. نه تنها که هیچ‌گام مؤثری در این جهت برداشته نشد، بلکه تداوم نقض حقوق بشر و تازش زورمدارانه‌ی جنایت‌کاران جنگی بر سیاست و اقتصاد افغانستان را شاهد بودیم. هم‌اکنون تمامی آنانی که در طول چند دهه‌ی گذشته به نقض حقوق بشر و جرایم جنگی دست داشته‌اند، در حکومت سهم داشته و هنوز هم از سلاطین و زورمداران بلامنازع در مناطق‌شان می‌باشند.
پروسه‌ی عدالت انتقالی و گزارش ترسیم منازعه که از سوی کمیسیون مستقل حقوق بشر روی دست گرفته شده، با چالش‌های جدی مواجه است. علی‌رغم تلاش کمیسیون مستقل حقوق بشر و دیگر نهادهای حقوق بشری داخلی و بین‌المللی، هنوز قادر نشده که پروسه‌ی عدالت انتقالی را در مورد هیچ‌کسی تطبیق نماید و گزارش ترسیم منازعه که براساس آن تخطی‌های حقوق بشری مستندسازی می‌شوند، انجام نشده است.
هرچند دولت افغانستان درمورد عدم پی‌گیری دوسیه‌های جرایم جنگی مقصر است، اما جامعه‌ی جهانی و به صورت مشخص ایالات متحده‌ی آمریکا نیز در این تعلل و قصور مقصر میباشد. از سال 2001 بدین‌سو به مرور لحن و موضع جامعه‌ی جهانی و ایالات متحده‌ی آمریکا در مورد جنگسالاران و ناقضان حقوق بشر ملایم و سازش‌پذیر شده و و به‌تدریج آن‌ها را در درون و بیرون حکومت تقویت کردند. از سال‌های نخست فصل جاری، آمریکا و جامعه‌ی جهانی به گونه‌‌ی صریح در برابر مجاهدین و جنگسالاران مقاومت می‌نمودند وتلاش می‌کردند با حاشیه راندن آن‌ها از قدرت زمینه‌ی تعقیب عدلی و تطبیق پروسه‌ی عدالت انتقالی را فراهم سازد، اما به مرور، دوباره این مجاهدین و همان مجریان جنگی بودند که دوباره خود را بر سیاست افغانستان تحمیل کرده و آمریکا و دولت افغانستان را ناگزیر به پذیرش بی‌چون و چرای آن‌ها در بدنه‌ی قدرت نماید. امروز، این عناصر قدرت‌های بلامنازع در افغانستان می‌باشند و با توجه به قدرت و نفوذ آن‌ها در میان مردم، عملا زمینه‌ی پی‌گیری پرونده‌های آن‌ها میسر نیست. در شرایط کنونی رییس جمهور کرزی نیز نمی‌تواند در برابر آن‌ها ایستادگی کرده و ریسک مواجهه با آن‌ها را متقبل شود. هرچند که پی‌گیری پرونده‌های جرایم جنگی و گذشته‌های پرسش‌برانگیز آن‌ها از اهداف و خواسته‌های تمام مردم افغانستان است، اما حقیقت این است که با توجه به شرایط موجود، رییس جمهور کرزی نمی‌تواند خود را در مقابل آن‌ها قرار دهد و برای تطبیق عدالت، دشمنی جنگسالاران را بخرد.