نهادهای حمایت از مسیحیان می‌گویند مسیحیانی که هنوز در افغانستان باقی مانده‌اند با شکنجه و آزار و اذیت مواجه هستند.
تاد نتلتون، نویسنده و مجری رادیویی که برای نهاد «صدای شهدا» کار می‌کند، به فاکس‌نیوز گفته است که با فروپاشی دولت افغانستان بسیاری از مسیحیان از این کشور فرار کرده‌اند؛ زیرا از عقاید افراطی طالبان آگاه بودند.
او افزوده است که هنوز هم هزاران مسیحی در افغانستان باقی مانده‌اند که با چالش‌های عمیقی روبه‌رو هستند.
نتلتون گفته است: «این‌ها کسانی هستند که تصمیم جسورانه و باورنکردنی برای ماندن در کشور گرفتند».
«صدای شهدا» که هدف آن دفاع از حقوق بشر مسیحیان تحت آزار و اذیت در سراسر جهان است، در سال ۱۹۶۷ تأسیس شد.
این نهاد، افغانستان را کشوری «محدود» می‌داند که در آن «ضرب‌وشتم، شکنجه و ربوده شدن مسیحیان عادی است».
دیوید کوری، کمیسر کمیسیون امور آزادی مذهبی بین‌المللی امریکا (USCIRF) که به‌عنوان مدیرعامل نهاد حمایت مسیحیان «درهای باز» کار می‌کند، نیز گفته است که بسیاری از مسیحیان با تسلط طالبان از افغانستان فرار کرده‌اند، اما عده‌ای هنوز مانده‌اند. زیرا «می‌خواهند بخشی از جامعه باشند و کشورشان را دوست دارند».
او افزوده است که طالبان فهرستی از اسامی مسیحیان را در اختیار داشتند که سال گذشته در تلاش برای شکار آن‌ها بودند.
کمیسیون آزادی مذهبی امریکا می‌گوید که وضعیت آزادی مذهبی در افغانستان از زمانی که طالبان کنترل این کشور را بدست گرفته‌اند، به‌شدت بدتر شده است.
این کمیسیون در آخرین گزارش خود گفته است که تحمیل تفسیر محدود از اسلام سنی توسط طالبان، تهدیدی جدی برای آزادی مذهبی و تمام شهروندان افغانستان است که این تفسیر را قبول ندارند.