به‌نظر می‌رسد اعضای کمیسیون انتخابات یکدست و هماهنگ نیستند. به‌رغم این‌که کمیشنران از آدرس‌های مختلف سیاسی-حزبی معرفی شده‌اند، اما اختلاف نظر و ناهماهنگی در کارها بیش‌تر میان دبیرخانه و کمیشنران کمیسیون انتخابات وجود دارد. اطلاعات نشان می‌دهد که رییس دبیرخانه‌ی کمیسیون انتخابات در هیچ نشست کمیسیون شرکت نمی‌کند. هماهنگی کمیشنران با عنوان بخش پالیسی‌ساز و دبیرخانه به‌عنوان بخش اجرایی کمیسیون ضروری است. انتخابات افغانستان در شرایط بسیار حساسی قرار دارد. از یک‌سو تجربه‌های تلخ گذشته‌ی انتخابات و از سوی دیگر نگرانی‌ها از امکان تقلب گسترده در انتخاباتِ دو هفته پیش ریاست‌جمهوری شک و تردیدهای سیاسی و بی‌اعتمادی مردم به روند انتخابات را برانگیخته است. از این‌رو بروز هر نوع اختلاف در کمیسیون توان کار درست در این نهاد را به تحلیل برده و جدا قابل نگرانی است.
اختلاف در کمیسیون انتخابات چیزی تازه نیست. در انتخابات‌های گذشته نیز این مشکل کشور را تا مرز بحران پیش برده و اعتبار انتخابات را در افغانستان صدمه زده است. متأسفانه دلیل این اختلاف‌ها در گذشته روشن است. کمیشنران و اعضای پیشین کمیسیون با تصامیم سلیقه‌ای، نشست‌های پنهانی و دخالت، بازی‌ها و منافع سیاسی در کار و جایگاه کمیسیون را به‌صورت جدی خدشه‌دار کرده است. در گذشته ضعف برخی از اعضای کمیسیون در صداقت و درست‌کاری و وفاداری به کشور و منافع ملی باعث شد که اعتماد مردم به انتخابات کم‌رنگ شود. تا جایی که در انتخابات دو هفته پیش ریاست‌جمهوری سطح مشارکت مردم به‌طور باورناپذیر کاهش پیدا کند. یکی از عوامل اصلی کاهش مشارکت مردم در انتخابات بی‌باوری مردم به کمیسیون انتخابات و مدیریت درست این نهاد بود.
روزبهروز مشکلات تازه در فرایند بررسی نتیجه‌ی آرا رسانه‌ای می‌شود. شک و تردیدها هم روزبهروز بیش‌تر می‌شود. تیم ثبات و همگرایی اوایل همین هفته اعلام کرد که کمیسیون آرای بیومتریک‌نشده را به سیستم مرکزی وارد می‌کند. این تیم ادعا کرد که کمیسیون انتخابات در تلاش به انحراف‌کشاندن روند انتخابات است. همزمان تیم‌های دیگری انتخاباتی ادعا دارند که انتقال اطلاعات به سرور مرکزی کُند و غیرشفاف است. نهادهای ناظر نگران وخیم‌شدن اوضاع است؛ این‌که ممکن است اختلاف دیدگاه در کار کمیسیون و برخوردهای سلیقه‌ای روند بررسی نتیجه‌ی آرا به چالشی تازه کشیده شود. به‌ویژه این‌که فرصت نظارت دقیق از جزئیات کار کمیسیون برای نهادهای ناظر و رسانه‌ها وجود ندارد. این نگرانی در مورد دبیرخانه‌ی کمیسیون انتخابات بیش‌تر است. شماری از نامزدان گفته‌اند نسبت به کارکردهای دبیرخانه‌ی کمیسیون مستقل انتخابات بی‌باورند. از دید آنان کارهای این بخش از کمیسیون با شک و تردید همراه است و همچنان برای پیش‌برد روند انتخابات «نیت سالم ندارد».
انتخابات ریاست‌جمهوری سال 2014 نشان داد که اگر به انتخابات با سازوکارها و اصولی برخورد نشود، امکان بحران قطعی است. مردم با کلمه‌ی «بحران» آشنایی عمیقی دارند از این منظر، این هشدار باید جدی گرفته شود و نباید اختلاف و برخوردهای سیلقه‌ای باعث و بانی یک بحران دیگر شود. بارها در مطالب اطلاعات روز به آن پرداخته شده است، یعنی عمل به قانون. به عبارت دیگر، میکانیزم کار در کمیسیون انتخابات و رسیدگی به نتیجه‌ی انتخابات روشن است: کمیسیون به‌عنوان یک نهاد مستقل مطابق قانون و طرزالعمل‌های انتخاباتی عمل می‌کند، تنها آرای بیومتریک‌شده دارای اعتبار است و تمام طرف‌های انتخابات به‌شمول نهادهای ناظر داخلی و خارجی حق نطارت از کارهای کمیسیون را دارند. هیچ چیز سِری در انتخابات وجود ندارد که کمیسیون بخواهد آن را به‌دور از چشم مردم و ناظران نگهدارد. مردم افغانستان حق دارند در روشنی از چگونگی بررسی آرا بدانند. بنابراین، به پاس مناقع ملی کشور، بیش از هر مسأله‌ای با انتخابات برخورد صادقانه و آینده‌نگرانه داشته باشیم. و این مسئولیت در چنین شرایط بیش‌تر متوجه اعضای کمیسیون انتخابات است.