پس از پایان رای‌دهی، اکنون نوبت ثبت شکایت‌های انتخاباتی است. براساس قانون، پس از پایان روند رای‌دهی تا 48 ساعت آینده مهلت ثبت شکایت‌های انتخاباتی میباشد. کمیسیون مستقل شکایت‌های انتخاباتی دور دوم انتخابات ریاست جمهوری را شفاف‌تر از دور نخست این روند خوانده، اما در روز رای‌دهی از ثبت 275 مورد شکایت‌های انتخاباتی خبر داده است. اکنون نوبت نهادهای انتخاباتی است که با جمع‌آوری، شمارش و ثبت و بررسی شکایت‌های انتخاباتی روند انتخابات را تکمیل کرده و نتیجه‌ی مشروع این روند را به مردم افغانستان اعلان کنند.
روند رای‌دهی بدون کدام مشکل جدی به پیش رفت. بیش از هفت میلیون شهروند افغانستان، بدون توجه به تهدیدهای امنیتی، چالش‌های محیطی و خستگی از روند خسته کننده‌ی این آن، برای تکمیل این روند و حمایت از دموکراسی به‌پای صندوق‌های رای‌دهی شتافتند. حماسه‌آفرینی مردم در دو دور انتخابات، بدون هزینه نبود. در این دو دور ده‌ها هم‌وطن مظلوم ما به جرم رای‌دهی کشته و مجروح شدند و ده‌ها سرباز شجاع امنیتی کشور جان‌های‌شان را برای دفاع از کشور و انتخابات فدا کردند.
مردم افغانستان مسئولیت خود را در روز رای‌دهی به‌خوبی انجام دادند؛ اکنون نوبت پرسش از کم‌کاری‌های مسئولان و نیز مرحله‌ی پاس‌داری از آرای مردم است. مردم افغانستان ضمن قدردانی از تلاش‌های پی‌گیر مسئولان در راستای برگزاری انتخابات، باید کاستی‌ها و شکایت‌های این روند را یکی یکی مورد بررسی قرار داده و دلایل آن را جویا شوند. شورای ملی باید از مسئولان کمیسیون مستقل انتخابات بپرسد که چرا علی‌رغم تجربه‌ی تمام شدن برگه‌های رای‌دهی در محلات رای‌دهی در دور نخست، این مشکل بار دیگر در دور دوم انتخابات ریاست جمهوری تکرار شد؟ همین‌طور دیگر نارسایی‌ها و کاستی‌های روند رای‌دهی تا اکنون را بررسی کرده و از مسئولان انتخابات جویا شود.
اما مهم‌تر از همه، ثبت شکایت‌های انتخاباتی و بررسی عادلانه‌ی آن‌ها میباشد. همان‌گونه که مردم در روز رای‌دهی به تمام تهدیدهای طالب و ترور نه گفتند، کمیسیون شکایت‌های انتخاباتی نیز باید به تمام مصلحت‌های سیاسی و تعلقات قومی و منطقه‌ای خط چلیپا بکشد و با متقلبان و متخلفان، از هر جناح و سمتی که باشند، برخورد قاطع و قانونی نماید. تمامی شکایت‌های انتخاباتی را یکی یکی بررسی کرده و تخطی‌های جدی انتخاباتی را جدا کرده و عوامل آن را به مردم افغانستان معرفی کند.
روند رسیدگی به شکایت‌های انتخاباتی یکی از مهم‌ترین مراحل روند انتخابات میباشد. فقط با رسیدگی عادلانه و جسورانه به تمامی موارد شکایت‌ها و تخلفات انتخاباتی است که نتیجه‌ی انتخابات برای مردم افغانستان قابل قبول می‌شود. کمیسیون شکایت‌های انتخاباتی باید خود را از بند تمام مصلحت‌های سیاسی و قومی بیرون کرده و با برخورد جدی و بی‌طرفانه به شکایت‌های انتخاباتی به مردم ثابت کند که بی‌طرف و مستقل هست. این کمیسیون هیچ الزامی به بازی‌های سیاسی یا تأثیر‌پذیری از مراجع قدرت ندار‌د. دست و پای این نهاد برای رسیدگی به شکایت‌های انتخاباتی باز بوده و می‌تواند نامزدان یا هر مرجع دیگری که عامل تخطی‌های انتخاباتی گردیده‌اند را به مردم افغانستان و نهادهای عدلی و قضایی معرفی کند. کمیسیون رسیدگی به شکایت‌های انتخاباتی از دور نخست انتخابات تجربه‌های خوبی دارد. این نهاد در دور نخست انتخابات به هزاران مورد تخلف و تخطی رسیدگی کرد و در مورد آن‌ها فیصله کرد. اکنون انتظار می‌رود که این نهاد با سرعت و دقت بیش‌تر این روند را به انجام رسانده و روند ثبت و رسیدگی به شکایت‌های انتخاباتی را تخصصی‌تر و دقیق‌تر انجام دهد.
کمیسیون رسیدگی به شکایت‌های انتخاباتی از نظر قانونی دارای صلاحیت‌های زیاد است و از این نظر، در انجام مسئولیت‌های رسمی خود دست باز دارد. کمیسیون در پناه قانون جدید انتخابات و صلاحیت‌هایی که برای این نهاد قایل شده، می‌تواند تمامی شکایت‌ها و تخلفات را شجاعانه بررسی کرده، ملزم به هیچ مصلحت کاری‌ای جز تطبیق عدالت و شفافیت روند انتخابات نیست. نه دولت و نه هیچ مرجع دیگری در امور کاری این نهاد مداخله کرده نمی‌تواند و صلاحیت‌ها و اختیارات، به‌شمول میکانیسم‌های کاری آن در قانون انتخابات تسجیل شده‌اند. بنابراین، فعلا سرنوشت انتخابات و آرای مردم در دستان کمیسیون رسیدگی به شکایت‌های انتخاباتی است و امید می‌رود که این نهاد با کمال امانت‌داری و صداقت، به حماسه‌ی حضور مردم احترام گذاشته و از آرای آن‌ها پاس‌داری نماید.