کمیسیون مستقل رسیدگی به شکایتهای انتخاباتی گفته است که 2558 مورد شکایتهای انتخاباتی در دومین دور انتخابات ریاست جمهوری در این نهاد ثبت شده‌اند. مسئولان این نهاد گفته است که بیش از 900 مورد شکایت علیه کارمندان کمیسیون مستقل انتخابات و بقیه علیه هردو تیم انتخاباتی و مقام‌های محلی حکومتی ثبت شده‌اند. پس از ختم روند رای‌دهی، ثبت و رسیدگی به شکایتهای انتخاباتی یکی از مهم‌ترین مراحل روند انتخابات میباشد. از نظر قانونی، پس از پایان روند رای‌دهی، به مدت 48 ساعت تیم‌های انتخاباتی و ناظران باید شکایتهای خود را از روند انتخابات در کمیسیون رسیدگی به شکایتهای انتخاباتی ثبت نمایند. کمیسیون مستقل شکایتهای انتخاباتی باید در دوره‌ی زمانی مشخصی که در جدول زمان‌بندی برگزاری انتخابات مشخص شده، تمامی این موارد را یکی یکی در حضور رسانه‌ها، ناظران داخلی و خارجی و نمایندگان تیم‌های انتخاباتی بررسی کند و نتیجه‌ی تحقیقات و بررسی‌های خود از شکایتهای انتخاباتی را به کمیسیون مستقل انتخابات ارائه کند. از نظر قانونی، کمیسیون رسیدگی به شکایتهای انتخاباتی تنها مرجع رسیدگی به شکایتهای انتخاباتی میباشد. در قانون جدید انتخابات، به این نهاد صلاحیت‌های قوی داده شده و فیصله‌های آن برای کمیسیون مستقل انتخابات و تیم‌های انتخاباتی الزام‌آور اند. در چند‌دور انتخابات گذشته به دلیل روشن نبودن اختیارات و صلاحیت‌های کمیسیون شکایتهای انتخاباتی، در جدال‌ها و جنجال‌های انتخاباتی، این نهاد عملا از جریان رسیدگی به امور به حاشیه می‌رفت و ریاست جمهوری با ایجاد دادگاه‌های ویژه در روند و نتیجه‌ی انتخابات مداخله می‌کرد؛ اما اکنون با تصویب قانون جدید انتخابات، جای‌گاه این نهاد در قانون انتخابات و صلاحیت‌ها و اختیارات روشنی که برای کمیسیون رسیدگی به شکایتهای انتخاباتی داده شده، به تنها مرجع رسیدگی به شکایت‌ها و تخطی‌های انتخاباتی تبدیل شده است.
اکنون سرنوشت انتخابات و آرای مردم در دستان این کمیسیون است. این نهاد باید به تمامی 2558 مورد شکایتهای انتخاباتی یکی یکی در حضور ناظران و رسانه‌ها و نمایندگان ستاد‌های انتخاباتی رسیدگی کرده و در مورد تخطی‌ها و تخلفات داوری عادلانه انجام دهد. کمیسیون رسیدگی به شکایتهای انتخاباتی هیچ‌الزامی برای مصلحت‌کاری‌ها، ترس و سازش ندارد. این نهاد باید با تکیه بر قانون انتخابات و صلاحیت‌های روشنش و با اعتماد به مردم افغانستان در برابر هرگونه تقلب، فریب، مصلحت‌نگری‌های سیاسی و قومی، ترس و تهدید ایستاد شده و اجازه ندهد آرای پاک مردم افغانستان دست‌خوش تقلب و بازی‌های سیاسی گردد.
بدون تردید، رسیدگی به تمامی 2558 مورد شکایتهای انتخاباتی بر نتایج کلی آرا تغییرات جدی وارد می‌کند. ممکن است در میان این همه، بخش زیادش تقلب‌های سازمان‌یافته‌ی کلانی باشند که ممکن است بر مجموع آرای نامزدان تأثیرات کلان وارد نماید. تخطی‌های کوچک و لغزش‌های خردی که ناخواسته از سوی کارمندان کمیسیون مستقل انتخابات یا تیم‌های انتخاباتی صورت گرفته، بر وضعیت کلی آرا تأثیر‌گذار نباشد و از این‌رو، بررسی نشدن آن نیز نمی‌تواند مشروعیت انتخابات را زیر سوال ببرد؛ اما در این جمع تعداد زیاد شکایت‌ها از نوع تخطی‌های کلان و تخلف سازمان یافته است که از سوی تیم‌های انتخاباتی یا مقام‌ها و مسئولان محلی انجام شده است. این نوع تقلب قطعا بر نتیجه‌ی کلی آرا تأثیر‌گذار بوده و گذشتن از کنار آن، مشروعیت انتخابات را زیر سوال می‌برد. شکایت‌هایی که علیه مقام‌ها و مسئولان حکومتی صورت گرفته، جدی‌تر از دیگر شکایت‌ها می‌باشند. چون این افراد هستند که با سوء استفاده از موقعیت، صلاحیت‌ها و امکانات دولتی، به‌نفع نامزد مورد حمایت‌شان دست به تقلب سازمان یافته می‌زنند.
بنابراین، اکنون همگی چشم به کمیسیون مستقل رسیدگی به شکایتهای انتخاباتی دوخته‌اند تا جدال و ابهام در مورد آرا و انتخابات را پاک کرده و از آرای مردم افغانستان دفاع کند. این نهاد در ختم جنجال‌ها و جلوگیری از بحران‌های احتمالی پیش‌رو بسیار تأثیر‌گذار است. کمیسیون می‌تواند با اقدام قانونی و عمل‌کرد شفاف، تمامی ابهامات و پرسش‌ها در مورد آرا و روند انتخابات را حل کرده و نتیجه را برای تیم‌های انتخاباتی قابل قبول بسازد.