کمیسیون شکایات انتخاباتی با بستن موعد قانونی سه‌روزه برای درج شکایات، روند رسیدگی به نزدیک به 16 هزار و 500 شکایتی را که تیم‌های انتخاباتی ثبت کرده است، آغاز کرد. بیش‌تر این شکایات توسط تیم ثبات و همگرایی به ثبت رسیده است.
یک روز پیش از پایان‌یافتن موعد سه‌روزه‌ی ثبت شکایات، امرالله صالح، معاون اول تیم انتخاباتی دولت‌ساز در یک کنفرانس خبری، در مورد شکایاتی که این تیم به کمیسیون شکایات درج کرده است، به رسانه‌ها توضیح داد. فارغ از حواشی این کنفرانس که طبق معمول شبیه به دیگر مجالس انتخاباتی از مزاح، کنایه و خط و نشان‌کشیدن خالی نبود، سخنان آقای صالح نشان می‌داد که این تیم نگران کم‌شدن آرای خود توسط کمیسیون شکایات انتخاباتی است. بیش‌ترین شکایت از طرف تیم ثبات و همگرایی و علیه آرای تیم دولت‌ساز ثبت شده است.
آقای صالح در این کنفرانس با اتکا به مکتوب‌های که از شرکت درملوگ (قراردادی دولت افغانستان و کمیسیون مستقل انتخابات در پروژه‌ی تسهیلات تخنیکی در انتخابات ریاست‌جمهوری 6 میزان) به کمیسیون مستقل انتخابات فرستاده شده، ادعا کرد که تیم دولت‌ساز در واقع بیش از 55 درصد کل آرا را به‌دست آورده و مصمم است برای آرایی که به‌زعم او به نادرستی باطل شده است، دادخواهی کند.
زمانی که روند بازشماری و اعلام نتایج ابتدایی انتخابات با متوقف‌شدن این روند در هفت ولایت کشور توسط تیم ثبات و همگرایی به بن‌بست خورده بود، با دخالت سفارت ایالات متحده و یوناما و تعهدشان به تیم ثبات و همگرایی مبنی بر رسیدگی قانونی به شکایات این تیم در مرحله‌ی رسیدگی به شکایات انتخاباتی، ثبات و همگرایی اجازه داد روند بازشماری آرا در هفت ولایت آغاز شده و نتایج ابتدایی اعلام شود.
پس از اعلام نتایج ابتدایی، ثبات و همگرایی یک‌صدا با تیم‌های امنیت و عدالت و صلح و عدالت اسلامی به رهبری رحمت الله نبیل و گلبدین حکمتیار در کنار رد مطلق نتایج ابتدایی که کمیسیون مستقل انتخابات اعلام کرده بود، اعلام کردند که آرای به‌زعم آن‌ها تقلبی و نتایج برآمده از معتبرشمردن این آرا را به هیچ عنوان نمی‌پذیرند و به‌دنبال پی‌گیری مطالبات‌شان در مرحله‌ی ثبت و رسیدگی به شکایات توسط کمیسیون شکایات انتخاباتی هستند.
با توجه به تأکید این تیم‌ها به رسیدگی به شکایات‌شان و امیدواری به رسیدگی قانونی به این شکایات توسط کمسیون شکایات انتخاباتی، به‌نظر می‌رسد نفوذ این تیم‌ها و مشخصا ثبات و همگرایی در کمیسیون شکایات انتخاباتی نسبت به «دولت‌ساز» که در کمیسیون مستقل انتخابات نفوذ دارد، بیش‌تر باشد. موضوعی که در کنفرانس خبری امرالله صالح نیز به‌وضوع قابل تشخیص بود. آقای صالح در سخنانش به تلویح از کمیسیون مستقل انتخابات سپاس‌گزاری کرد، اما هشدارهایی ملایم به کمیسیون شکایات انتخاباتی فرستاد و اعلام کرد که «دولت‌ساز» از آرای خود حفاظت و در مورد آرای باطل‌شده‌اش دادخواهی می‌کند.
با آغاز روند رسیدگی به شکایات در کمیسیون شکایات انتخاباتی به‌نظر می‌رسد اکنون برخلاف مرحله‌ی بازشماری و اعلام نتایج ابتدایی توسط کمیسیون انتخابات که تیم دولت‌ساز در موقعیت بهتری قرار داشت، اینک ثبات و همگرایی سوار بر مدیریت ماجرا باشد. این تیم بر کمیسیون شکایات نفوذ دارد یا دست‌کم به اجراآت این تیم مبنی بر کم‌شدن آرای تیم دولت‌ساز امید قابل اتکایی بسته است.
انتخابات ریاست‌جمهوری 6 میزان، برخلاف روال معمول، به‌دلیل بستر و وضعیتی که این پروسه در آن برگزار شد، در مرحله‌ی پس از اعلام نتایج ابتدایی و رسیدگی به شکایات، کماکان کارزارها و یارگیری‌های سیاسی را حفظ کرده است. تیم دولت‌ساز پس از جلب حمایت تیم تدبیر و توسعه به رهبری فرامز تمنا و ائتلاف سیاسی با آن، به‌تازگی حمایت تیم خادمین ملت به رهبری عنایت‌الله حفیظ را نیز جلب کرده است و به‌نظر می‌رسد ائتلاف رسمی دو تیم به‌زودی اعلام شود. به‌نظر می‌رسد «دولت‌ساز» در روزهای آینده تلاش‌هایش را برای جلب حمایت تیم‌های بیش‌تری ادامه دهد. ائتلاف «دولت‌ساز» با این تیم‌ها تلاشی در برابر ائتلاف سفت و سخت سه تیم پیشتاز ثبات و همگرایی، امنیت و عدالت و صلح و عدالت اسلامی و شورای نامزدان ریاست‌جمهوری است.
واقع این است که سقوط فاحش مشارکت در انتخابات 6 میزان به زیر 20 درصد، باعث شده است که در عمل، پیروزی در انتخابات و تشکیل حکومت توسط تیم برنده با صرفا اتکا به رای مردم دشوار باشد. براساس نتایج ابتدایی، تیم دولت‌ساز با حدود 9 صد هزار رای برنده اعلام شد. در کشوری با 35 میلیون جمعیت و بیش از 13 میلیون واجد شرایط رای‌دهی، دشوار است که پیروزی نامزدی با کم‌تر از یک میلیون رای در انتخاباتی که مشارکت در آن کم‌تر از دو میلیون بود، به تشکیل حکومت مقتدر با مشروعیت و اقتدار سیاسی کافی منجر شود. به همین دلیل تیم دولت‌ساز علاوه‌بر آرایی که از مردم جلب کرده، در پی جلب حمایت تیم‌های دیگر است تا بتواند کسر مشروعیت ناشی از سقوط مشارکت را هرچند به‌صورت خفیف جبران کند و در صورت برنده‌شدن براساس نتایج نهایی، مشروعیت و اقتدار سیاسی بیش‌تری برای تشکیل حکومت داشته باشد.
از قراین پیداست که کمیسیون شکایات انتخاباتی بخشی از 300 هزار رای جنجالی را در روند رسیدگی به شکایات باطل کند . هنوز روشن نیست که آیا میزان آرایی که احتمالا توسط کمیسیون شکایات انتخاباتی از تیم‌های دولت‌ساز و ثبات و همگرایی کسر و باطل خواهد کرد، به سقوط آرای «دولت‌ساز» به زیر 50 درصد منجر می‌شود یا خیر. از قراین برمی‌آید که احتمال وقوع این سناریو بالاست.
در صورت سقوط آرای «دولت‌ساز» به زیر 50 درصد در مرحله‌ی رسیدگی به شکایات در کمیسیون شکایات انتخاباتی، انتخابات ریاست‌جمهوری به دور دوم خواهد رفت. برگزاری دور دوم انتخابات تا پایان زمستان عملا ممکن نیست و به این ترتیب با به تأخیر افتادن برگزاری دور دوم انتخابات به بهار 1399، افغانستان با خلای قدرت، چالش عدم مشروعیت قانونی و سیاسی حکومت و به تبع آن زوال اقتصاد و امنیت و نظایر آن مواجه خواهد شد.
در صورت رفتن انتخابات به دور دوم و برگزارشدن آن در بهار سال آینده، احتمالا گفت‌وگوهای صلح تا مرحله‌ی امضای توافق میان ایالات متحده و طالبان و آغاز مذاکرات بین‌الافغانی به پیش خواهد رفت. به‌نظر می‌رسد ایالات متحده‌ی امریکا و متحدان و شرکایش در خصوص مذاکرات صلح افغانستان با توجه به اولویتی که برای پروسه‌ی صلح افغانستان قایل هستند، از کشانده‌شدن انتخابات ریاست‌جمهوری افغانستان به دور دوم به‌دلیل فرصتی که برای پیشرفت مذاکرات و پروسه‌ی امضای توافق فراهم می‌شود، استقبال کنند. احتمال این‌که افغانستان در بهار 1399 به‌جای تشکیل حکومت جدید، شاهد توافق صلح و آغاز پروسه‌ی پیچیده اجرای توافق صلح و ادغام سیاسی و نظامی باشد، غالب است.