برعلاوه‌ی اتهام‌هایی مربوط به نقش او در سازماندهی تقلب در انتخابات پارلمانی و انتخابات ریاست‌‌جمهوری، اتهام‌های فساد اخلاقی نیز از سوی مقام‌های ارشد دولتی و نمایندگان پارلمان به آقای فضلی نسبت داده شده که البته هیچ‌گاه مورد تحقیق و بررسی قرار نگرفته است.

نهادهای مانند شورای امنیت ملی و اداره امور ریاست‌‌جمهوری در قانون اساسی افغانستان هیچ اشاره‌ای به آن‌ها نشده، اما در عمل صلاحیت این دو نهاد به‌دلیل علایق شخصی رییس‌جمهور فراتر از نهادهای رسمی مثل وزارت دفاع، داخله، خارجه و ... است؛ در عین‌حالی‌که هیچ نوع الزام پاسخگویی به هیچ نهاد دیگر جز شخص‌ رییس‌جمهور ندارند.